10月28日，台湾“卫生署长”杨志良向“行政院长”吴敦义提出了口头请辞，但获慰留。但是，“美国牛肉风波”却在岛内越演越烈，执政当局面临强大民意压力。

    10月23日，台湾当局宣布，将允许30个月龄以下的美国带骨牛肉、绞肉及牛内脏进口。这一决定遭到民众强烈反对。因为在2003年年底，美国出现疯牛病病例后，台湾宣布暂停进口美国牛肉。直到2006年1月才初步开放30个月龄以下的去骨牛肉输台。

    但在美国的不断施压下，台湾当局最终在今年10月22日签订《美国牛肉输台议定书》，承诺将开放30个月龄以下的带骨牛肉、牛内脏和牛绞肉输台。其中，牛绞肉因为是由碎肉所组成，可能含有机械所挤压出的神经碎组织，因此被专家质疑有风险。《美国牛肉输台议定书》中也定义，30个月龄以上牛只的脑、脊髓、眼经、头骨属于特定风险物质，不准进口；而30个月龄以下牛只的上述部位，虽不属于特定风险物质，但“原则上不予进口，除非台湾进口商特别要求。”

    在与美方谈判结果公布之前，杨志良曾多次向外界表示，美国牛只的绞肉和内脏不会开放进口。但谈判最终结果公布后，内脏和牛绞肉却也在此次开放进口范围内。杨志良随即向外界表达对谈判结果的失望之意，并称自己将“知所进退，负起责任”。

    10月26日，国民党籍的台北市长郝龙斌，以其曾身为食品科技专业教授的背景高调表态，反对当局放宽进口美国牛肉的标准，认为疯牛病病毒存于牛内脏和脊髓部位，即便高温消毒后也不易去除。郝龙斌还推动“拒绝食用美国牛内脏、绞肉与脊髓自主管理联盟”，号召台北市约15000家饭店、餐厅、卖场加入。

    在郝龙斌高调表态抵制后，包括台中市、高雄县、云林县、屏东县、宜兰县等地的县市首长，均已表达反对美国牛内脏和牛绞肉进口的态度，并要求商场店家须明白标示牛肉产地，以供消费者自主选择。此外，台湾军方宣布，至明年底以前不会在部队中使用美国牛肉；台“教育部”也行文全台学校，“不鼓励”各校营养午餐使用美国牛肉。

    面对民间业者和进口商的抵制声浪，台“行政院长”吴敦义说，他对民间进口商的一致决定，和郝龙斌“登高一呼”的行为表示感谢，并认为这是台湾人民“同心协力”的行动力的展现。

    认为是负责执行对美谈判决策的台“国安会”主委苏起，10月28日赴“立法院”进行报告，但遭到民进党“立委”抵制。苏起表示，当局开放进口美国牛肉的政策历经一整年的研究，并以“安全”为最高原则。针对国民党“立法院”党团提出的同美方协商，以排除牛内脏和绞肉的进口的提议，苏起认为“翻来覆去重启谈判，将对台湾的国际信誉造成影响”。

    美国在台协会台北办事处处长司徒文日前在一场公开演讲中说，在台湾骑摩托车出车祸的致死率，远高于吃美国牛肉得疯牛病的比例。此一比喻再度激化台湾民众的情绪。根据台湾《中国时报》民调显示，72%的受访者表示不能接受美国的强硬作法，若民间发起抵制活动，将有69%的民众响应支持；对马英九个人的满意度，也因此事较10月初大幅滑落14%，仅剩下33%。

    此前有报道称，台当局放宽美国牛肉进口标准，是为与美方在洽商“贸易投资架构协定”或台湾居民赴美免签证等问题时，作为交换条件。台湾地区领导人马英九10月28日公开表态说，当局不会用人民的健康作为条件去做任何交换，凡是进口的产品一定是安全的。

    马英九说：“跟别人做生意一定是互惠的，不可能通通都听你的。”开放美国牛肉进口，是基于作为世界贸易组织和世界动物卫生组织等国际组织成员所必须遵守的规范。但若消费者要用更高的标准采取自发行动，当局也会尊重。